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上古时期，神魔大战，魔族大败，经弱水逃往阿修罗界，那里是恶灵生存之所，又有剧毒无比的弱水为屏，天神不能进入，魔族得以在此安身。
随着时间的推移，天庭三次易主。苍天上帝在位后期，天庭因权力之争，分为三大派系，分别以丹俊、玉坚、共工为，三大派系貌合神离，明争暗斗。由于天神的内讧，给了邪魔可趁之机，洞庭湖女妖修蛇聚集妖族叛乱，并且与阿修罗界波旬勾结，企图推翻天庭册封的众妖之王，统一妖族。波旬也想利用修蛇对抗天庭，趁机重返人间。
与此同时，世人受到了邪神沙旦的蛊惑，背离了天道，变得自私贪婪，人与人之间尔虞我诈，部落之间互相杀伐，妖魔鬼怪出没伤人，大地上到处腥风血雨。如此一来，妖族的叛乱，魔族的反扑，人间的杀伐，致使三界大乱。时有预言神兽重现人间，告诫世人，说是人间将有一长巨大的浩劫，三界众生在劫难逃。
早有日夜游神报上天庭，苍天上帝派太昊、女娲二神转世人间，希望他们将来能够统一天下，教化世人，合神、人之力对抗浩劫。水神共工位居三大权臣之一，也是下界水族的海皇，上统天河，下领四海，他不想让人类强大，因为他害怕天上统一之后，人类会与海界分庭抗礼，于是暗中泄露了天机。
太昊转世为伏牺，他的父亲是风兖氏的领，命叫风允婼，母亲名叫华胥。伏牺未出生时，他的父亲被仇人害死，华胥回到娘家部落避难，在艰险的环境中生下了一个儿子，起名为风伏牺。女娲转世为里牺，她的父亲是仇维氏领华阳，母亲是弇兹，在与申弥氏的战争中，华阳战死。弇兹刚生下一个女儿，突然听到华阳战死的噩耗，于是自杀身亡。
在生死存亡的危急关头，华胥临危受命，被部众拥立为新领。华胥继位之后，收养了兄、嫂留下的遗孤，起名为云里牺。仇维氏在华胥的带领下，部落几经迁徙，最终开辟了新的家园。
伏牺、里牺出生之后，遭到了魔族、海界、仇人的共同追杀，但是他们自幼异于常人，而且吉人自有天相，屡次化险为夷，后来投无化尊者门下，修得金身正果。无化尊者为了把太极八卦之术传到人间，派伏牺、里牺前往太极山，向太极尊者求取河图洛书。太极尊者为了阻止伏牺、里牺前往太极山，派八门神将沿途阻挡。伏牺、里牺一路闯关，认识了素女仙子，素女在得到其师父同意之后，与二圣同去太极山。他们一路大战神、魔，患难与共，素女对伏牺日久生情。一年之内，他们经历了重重苦难，最终求取了河图洛书，开创了八卦之术，而且将文字传播到人间。
伏牺统一天下之后，建立了皇雄氏王朝，准备立素女为王后，可是伏牺的姻缘乃天命所定，注定要与里牺成为夫妻的。就在婚礼的当天，素女突然昏迷不醒。二圣为救素女，入冥界向冥王询问前因后果，直到此时他们才知道真相，原来他们不是亲兄妹。于是，二圣顺从天命，结为夫妻。
雄朝建立之后，海皇共工兴兵难，二圣联合大地诸神，合五岳之力，终于击败了海皇。随着浩劫的来临，天塌地陷，二圣为救芸芸众生，补天治地而亡。二圣死后，他们的儿子风咸为了完成父母遗愿，协助天庭封印了阿修罗界。
